Miejscowy Rusin, wchodząc do cerkwi ponad 300 lat temu, mógł z uśmiechem na ustach oglądać diabełka, z odsłoniętym przyrodzeniem pędzącego do piekła z duszami potępionymi. Dziś i my możemy zobaczyć część polichromii, które ocalały przez lata dewastacji, elementem jednej z nich jest właśnie ów diabełek.
Na prawej ścianie nawy widać Sąd Boży. Postacie namalowane na ścianach to pełne symboliki elementy Apokalipsy św. Jana. Sam Jan Ewangelista przedstawiony został na samej górze malowidła – patrzy on w stronę Jerozolimy Niebiańskiej, Jerozolima ma tu baszty, mury oraz budynki, przypominające miasta XVI-wiecznej Europy. Niżej, pod Janem, widać scenę, w której Jezus Chrystus, stojący na kuli w otoczeniu Maryi i Jana Chrzciciela, sądzi ludzi, postacie towarzyszące Jezusowi ujmują się za grzesznymi duszami, sądzonymi przez Jezusa. Chrystus uniesioną prawą ręką wzywa dusze prawych do nieba, lewa ręka kieruje dusze potępione w dół, w stronę otchłani piekielnej. Dusze królów-proroków prowadzone są do bram raju. Do otchłani prowadzą dusze ludzkie czerwone diabły z pałkami, które w swojej grzesznej postaci z odsłoniętymi fallusami popychają dusze do piekieł.
Ten fresk pokryty był przez wieki młodszym, przedstawiającym Przemienienie Pańskie, dziś ów wizerunek został przeniesiony na ścianę zachodnią prezbiterium. W niszach okiennych widać herby dwudzielne: Jelita i Korczak oraz Jelita i Trach – świadczą one o fundacjach dla cerkwi rodziny Zamoyskich. Na ścianie pomiędzy prezbiterium a nawą, po prawej stronie nad ikonostasem, ukazano chrzest Jezusa w Jordanie. Nad ikonostasem, w części centralnej polichromia przedstawiająca Chrystusa na tronie, z otwartą Ewangelią i uniesioną prawą ręką w geście błogosławieństwa, otaczają Jego postać aniołowie. Jest to bardzo częsty sposób przedstawiania Chrystusa w cerkwiach i zazwyczaj umieszcza się Go w części pod kopułą świątyni – tak jak w Szczebrzeszynie.
Po lewej stronie widać polichromie przedstawiające anioła Gabriela, zwiastującego Maryi dobrą nowinę. Pod nimi widoczne elementy starsze, bardziej kolorowe – tu anonimowy artysta przedstawił scenę kuszenia Chrystusa na pustyni – bestia, czyli diabeł ma wiele głów na długich szyjach. Fresk przedstawiający Zwiastowanie zostanie także, jak Przemienienie Pańskie, przeniesiony na ścianę zachodnią, tym samym odsłoni się starsze malowidło, które tylko gdzieniegdzie jest widoczne, a pochodzi ono z około 1600 r.
Ikonostas przypomina ten pierwotny, brak w nim jednak oryginalnych ikon. Jedna z ikon, które przed I wojną światową były w nim umieszczone, przedstawia Matkę Bożą z Dzieciątkiem, obecnie możemy obejrzeć ową ikonę w Muzeum Zamojskim, pochodzi ona zapewne z XVIII w. i jest częścią pierwotnego ikonostasu. Co ciekawe – dawniej nawet katolicy podchodzili pod próg cerkwi, aby się modlić o łaski właśnie do tego obrazu. Przed ikonostasem ikona przedstawiająca Zaśnięcie Marii.
Cerkiew w Szczebrzeszynie jest niezwykła – tu łączą się średniowiecze z teraźniejszością. Zabytek po tym, jak społeczność pozwoliła na zniszczenie Wzgórza Zamkowego, najbardziej świadczy o wspaniałej tysiącletniej historii Szczebrzeszyna. Jeszcze nie znamy dokładnej historii klasztoru franciszkanów, powstałego w czasach, kiedy bł. Jakub Strzemię fundował i lokował nowe zgromadzenie franciszkańskie; nie wiemy, kiedy dokładnie został wybudowany kościół św. Mikołaja… Jest wiele pytań, na które nie ma jeszcze odpowiedzi, szukajmy więc ich wspólnie!